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単結晶X線構造解析 技術情報

装置概要(別ページへリンク)

Saturn724+ (CCD)
R-AXIS RAPID-II (IP)
装置の比較・関連備品について
解析用PCインストールソフト


最新マニュアル ※全て学内限定

Saturn724+ (CCD) 簡易マニュアル Version2.6(2019/11/1更新)
pdfファイル

R-AXIS RAPID 2 (IP) 簡易マニュアル Version2.0(2017/1/4更新)
pdfファイル

Olex2簡易マニュアル
初心者向けチュートリアル 2019/12/**更新 (pdfファイル)

XPlain
初心者向けチュートリアル 2019/11/13更新 (pdfファイル)

ORTEP for Windows
初心者向けチュートリアル 2020/1/30更新 (pdfファイル)

CrystalStructure簡易マニュアル

基本チュートリアル 2017/10/4更新 (pdfファイル)
トラブルシューティング 2017/10/4更新 (pdfファイル)

POV-Ray図の作成方法(Mercury)
pdfファイル

メンテナンス情報


低温ガス吹付装置のガス温度測定結果 ①室温~200℃(2016/2/3測定)



単結晶X線構造解析装置(CCD)Saturn 724+講習会

令和元年度(2019/11/6,13) ※全て学内限定
(1) 単結晶X線構造解析の概要 (pdfファイル)
(2) Saturn724+ 簡易マニュアル Version2.6 (pdfファイル)
(3) Olex2初心者向けチュートリアル (pdfファイル)
(4) XPlainの使い方 (pdfファイル)
(5) ORTEP for Windowsの使い方 (pdfファイル)
(6) 演習問題(pdfファイル)
(7) (2)の測定・解析例データ (zipファイル)
 

単結晶X線構造解析 依頼分析

研究基盤センターでは単結晶X線構造解析の依頼分析と受託試験を受け付けています。

<依頼分析(学内向け)>
サンプル瓶、NMRチューブ、ナスフラスコの壁面などにキラッと光る結晶性の固体を見つけたら、お気軽に研究基盤センターまでお問い合わせください。

依頼分析の手続きおよび料金は下記リンク先をご覧ください。
http://irc1.lab.u-ryukyu.ac.jp/?page_id=54


<受託試験(学外向け)>
2020年4月から、学外からの依頼分析(受託試験)も開始します。
県内・県外問わず測定を承る予定です。試料の可否の相談も随時受付中です。
どうぞお気軽にご相談ください。

<報告書の例>
(1)Image data
    (ORTEP diagram(bmp, png format))
(2)3D modeling data(mol file or pdb file)
(3)CRAC Analysis Report(word file)
(4)cif file
(5)crystal datatable file(html)
(6)checkcif(pdf)
(7)Raw data
 (cif file, hkl file, ins file, for re-analysis)

<サンプル提出時のお願い>

サンプルの他、予想組成式と貧溶媒及び可溶媒の情報提供をお願いします。
論文投稿を検討している場合、予想構造式の原子ラベル番号をご準備下さい。
より精度の高い測定を希望する場合は、可能な限り溶液から取り出さずにご提出下さい。

 

単結晶X線構造解析 リンク集

リンク集

結晶のマウント手順(Rigaku Marcom)




結晶成長やマウントのコツなど

結晶のマウント(比較表)
Tips (Johns Hopkins University X-ray Crystallography Facility)
MiTeGen Crystallography Posters (Mitegen)
How to Grow Single Crystals for X-ray Analysis by Solution Crystallisation (Durham University Chemistry department)
Tips and Tricks for the Lab: Growing Crystals Part 2 - Chemistry View


解析

checkCIF/PLATON
A Hypertext Book of Crystallographic Space Group Diagrams and Tables (Birkbeck College, University of London)
Idealized Molecular Geometry Library (Univerisity of Wisconsin-Madison Molecular Structure Laboratory)
CIF required items for single-crystal reports (IUCr)


分子構造のWeb Viewer
printCIF
https://publcif.iucr.org/services/tools/printcif.php
CIFをアップロードすると、結晶学的データや幾何学的データなどの表とともに結晶構造の3Dモデルが生成されます。

Molmil分子ビューア
解析結果をOlex2やMercuryなどでpdbファイルやmolファイルに変換後、アップロードするとウェブブラウザ上で分子構造を見ることができます。



データ処理・解析ソフト

Olex2
OlexSys社作成の構造解析プログラムパッケージ

Olex2 YouTube Chanel
Olex2のビデオチュートリアル
(主なコンテンツ)
 平面間の距離と2面角の求め方(Planes in Olex2)、乱れた構造の解析(Modelling Disorder)、双晶の解析事例(Twinning)

Mercury
CCDC(ケンブリッジ結晶学データセンター)作成の結晶構造の描画・統計処理プログラム。結合長など分子構造の簡単な解析はこのプログラムでも可能です。


その他

各種溶媒の極性に関する指標 (Shodex)
各種溶媒の混和性 (Shodex)
おもな有機溶剤の物性 (TCI)
The Periodic Table of Oxidation States (Compound Interest)
Crystallographic Resources at Otterbein University
Space Group Project - The Fascination of Crystals and Symmetry